かつて窃盗や暴力事件の常習犯だった黒沢兵悟(福士蒼汰)は、警察も手を焼くほどの高いIQと判断力、身体能力が認められ、兵庫県警本部長の阿久津洋子(りょう)のもと、秘密裏に結成された潜入捜査官チーム、通称“Ⅾ班”の一員に。その任務は、暴力団や詐欺集団など、さまざまな犯罪組織に潜入して情報や犯罪の証拠をつかむこと。兵悟は、組織犯罪対策課で捜査の指揮をとる伊達直哉(安藤政信)、闇医者の皆本麗子(片瀬那奈)、ホワイトハッカーの宮永壮一(浜野謙太)らD班のメンバーとともに、多少の犠牲はいとわない、冷酷非道ともいえるやり方で、悪の根源を駆逐すべく、常に命の危険と隣り合わせの潜入捜査を行う。

 このところ、兵庫県警の管轄内では、年間被害総額390億円ともいわれる特殊詐欺が多発していた。兵悟は、事件に何らかの形で関与していると思われる闇金会社に潜入。組織の実態をつかむため、闇金会社の社長の海藤武史(杉本哲太)に接触するが……。

 その頃、阿久津のもとには、幼い頃から成績優秀、文武両道で防衛大学を首席で卒業し、海上自衛官としてエリートコースを歩んできた佐根村将(野村周平)が訪ねてくる。阿久津からⅮ班に誘われていた将は、ある真相をつかむために自衛官を辞める決意を固める。